過氧苯甲酰的副作用主要包括局部刺激、過敏反應和光敏反應。局部使用過氧苯甲酰后，可能會引起皮膚刺激、瘙癢、灼熱感、發紅和腫脹等刺激癥狀，嚴重程度和出現頻率因人而異。過氧苯甲酰含有氧化劑，部分人可能會對其過敏，出現皮疹、瘙癢、皮膚糜爛等過敏癥狀，甚至可能出現呼吸急促、休克等。

請注意，如在使用過程中出現不適，請立即停止用藥并尋求醫療建議。此外，過氧苯甲酰主要用作治療痤瘡的外用藥物，涂抹時應保持皮膚清潔，避免進食刺激性食物，并遵醫囑。