莫匹羅星軟膏作為一種抗生素軟膏，可能會產生一些副作用。最常見的是局部刺激反應，如發紅、瘙癢、腫脹、灼熱感或不適感。此外，它還可能與其他藥物相互作用，導致某些副作用。因此，使用前務必咨詢專業醫生，遵循醫生建議和注意事項。