低分子量肝素主要的副作用包括：

1. 出血：所有藥物都可能引起出血，但低分子量肝素也不例外。這通常是最為常見的副作用，但絕大多數情況下都是輕微和一過性的。
2. 嚴重的并發癥非常罕見。如果發生難以解釋的瘀斑、血腫或嚴重的鼻出血，應停止使用該藥物。
3. 骨質疏松：低分子量肝素可能會影響骨骼的鈣質吸收，增加骨質疏松的風險。

此外，還可能出現注射部位局部不良反應，如注射部位疼痛、瘀斑和水腫等。這些不良反應的程度和發生率通常隨治療時間延長而降低。

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