藻酸雙酯鈉有一定的副作用，常見的不良反應有：

1. 注射部位少量出血，滴速過快或空腹用藥時可引起惡心、嘔吐、頭暈、腹瀉等。
2. 皮疹、皮膚瘙癢、紫癜、關節疼痛、骨髓抑制等。

需要注意的是，應用此藥需要在醫生指導下進行，避免盲目用藥。如果有過敏史的患者應該提前告知醫生。另外，在服用藻酸雙酯鈉期間，需要定期到醫院進行血常規和出血時間等方面的檢查，以監測有無骨髓抑制的征兆。如果出現任何不適癥狀，應及時就醫，調整藥物劑量或更換藥物。